سبب الخلاف بين الفلاسفة والدين، فالفلسفة تبحث في ما وراء الطبيعة، وكذلك الدين، ولذلك كان انطلاق كل منهما مغايرا للآخر، فالدين يعتمد على الوحي لكي يصل به إلى الغيب، ويؤمن بالغيب إذا جاء به الوحي، أما الفلسفة فإنها تعتمد على العقل في كشف الغيب، وبالطبع عقل الإنسان ما زال قاصرا، ولا يصح الاعتماد عليه.والعقل البشري لا يستطيع الوصول إلى نتائج يقينة في هذا المجال.
يقول الشيخ فيصل مولوي ـ رحمه الله تعالى- نائب رئيس المجلس الأوربي للبحوث والإفتاء:
يبدو أن التناقض الواقع بين الدين والفلسفة انحصر في العصر الحاضر بين مجموعات من المثقّفين الذين يتناولون موضوع الدين والفلسفة من زاوية التنظير فقط، في المقابل فإن الأكثرية الساحقة من الدعاة الإسلاميين ومن جماهير الصحوة الإسلامية في العالم كله تعطي الأولوية في دعوتها إلى مسألة تطبيق شريعة الله في حياة المسلمين وهي بالتالي تتجه في فهمها للدين الإسلامي وجهة واقعية انطلاقاً من التسليم الكامل بالمسائل العقائدية التي تتعلّق بأمور الغيب، وبهذا نلاحظ أن الصراع بين الدين والفلسفة حاضراً محصور في الدوائر الثقافية والجامعية وفي مجالات الأبحاث النظرية، وهو أمر لا يؤدي إلى ضرر كبير. أهـ