السبب في ذلك مختلَف فيه:
فقيل لأنها سورة نزلت بالحرب والقتال وفَضح أحوال المُنافقين، ولا يُناسِبُها البَدء بالبسملة التي تشتمل على الرّحمة، كعادة العرب عندما يوجِّهون كلامًا إلى الغير تكون مقدِّمته مُناسبة لموضوعه.
وقيل لأن عثمان ـ رضي الله عنه ـ لما أمر الكتّاب بنسخ صورة من القرآن، وترتيب سورِه التي لم يثبت في ترتيبها نصٌّ من النبي ـ صلى الله عليه وسلم ـ حيث جعل السورَ الطِّوال بجِوار بعضها ـ رأي أن سورة الأنفال متناسِبة مع سورة التوبة في الموضوع، فأمر بجعلهما بجوار بعضهما بدون البسملة، مع أن سورة الأنفال من أوائل ما نزل بالمدينة، وسورة براءة من أواخر ما نزل، لكنهما متناسِبتان من جهة الموضوع.
وقيل غير ذلك، وفي كتب التفسير متّسع لمَن أراد الاستزادة.