المراد بهذا المسجد، إما مسجد قباء الذي بناه رسول الله صلى الله عليه وسلم في طريق هجرته إلى المدينة، فقد نزل هناك وأسس هذا المسجد وكان هذا أول مسجد أسس في الإسلام، وإما هو مسجد رسول الله صلى الله عليه وسلم نفسه، فهو أيضًا أسس على التقوى من أول يوم، وقد ورد بهذين الأمرين أحاديث صحيحة، أن المسجد المقصود بالآية هو مسجد قباء، وأنه هو مسجد الرسول صلى الله عليه وسلم، ولا تنافي بين القولين ولا بين الروايتين، فكلا المسجدين أسس على التقوى من أول يوم،
وكلاهما من المساجد العظيمة المباركة في الإسلام
أما مسجد النبي صلى الله عليه وسلم فهو ثاني الحرمين للمسلمين.
وأما مسجد قباء فقد قال فيه النبي صلى الله عليه وسلم: ” صلاة في مسجد قباء كعمرة ” وقد جاءت هذه الآية تنهي النبي صلى الله عليه وسلم أن يقوم في المسجد الذي بني ضرارًا، مضارة ومناوأة لمسجد قباء . بناه جماعة من المنافقين يتخذونه وكرًا للفتن والفساد .. وتفريق كلمة المؤمنين، ولهذا نهى الله نبيه عليه الصلاة والسلام أن يقوم فيه، أو أن يصلي فيه وقال: (لا تقم فيه أبدا) وذلك ليفسد على المنافقين أمرهم، ويحبط مكرهم، وإنما أمره بالقيام والصلاة في مسجده، وفي مسجد قباء، الذي أسس على التقوى من أول يوم فهو أحق أن يقوم فيه.