من الأفضل أن يكون دعاء الاستخارة بعد السلام وذلك لقوله -صلى الله عليه وسلم- وهو يعلم صلاة الاستخارة ودعاءها لأصحابه : “ثم ليركع ركعتين من غير الفريضة، ثم ليقل : اللهم…” إلى آخر الحديث الذي أخرجه البخاري عن جابر رضي الله عنه.
ولقوله أيضاً في صلاة الحاجة: “فيتوضأ ويحسن الوضوء، ثم ليصل ركعتين، ثم ليثن على الله…” إلى آخر الحديث الذي أخرجه الترمذي وابن ماجه.

والدليل في هذين الحديثين على أن الدعاء يكون بعد السلام قوله -صلى الله عليه وسلم- في الحديثين المتقدمين : “ثم ليقل” و “ثم ليثن على الله” بعد أمره بصلاة ركعتين، ومن المعلوم أن حرف (ثم) يقتضي الترتيب المتراخي بين المتعاطفين، فدل هذا على أن الدعاء بعد السلام.