ترتيب الآيات في المصحف فهو توقيف من الله ورسوله صلى الله عليه وسلم، فقد كان النبي صلى الله عليه وسلم ينزل عليه صدر السورة في وقت من الأوقات ثم بعد سنة أو أكثر أو أقل تنزل عليه بعض الآيات من تلك السورة فيقول النبي صلى الله عليه وسلم ضعوا هذه الآيات في السورة التي يذكر فيها كذا وكذا، وهكذا تظل السورة مفتوحة حتى يأذن النبي صلى الله عليه وسلم باكتمالها وانتهائها، فيأمر بوضع البسملة عند السورة التالية.
سميت آيات القرآن سورة؛ لأن كل سورة مسوّرة بسور يخصها ويحدّها عن السور التالية هذا بالنسبة للآيات في السور.
أما بالنسبة لترتيب السور في المصحف فهذا من عمل الصحابة رضي الله عنهم، ولذلك فإن لعبد الله بن مسعود رضي الله تعالى عنه مصحفا يختلف في ترتيب سوره عن مصحف عثمان رضي الله عنه المشهور المتداول الآن في أيدي المسلمين وهو الذي جمعه زيد بن ثابت رضي الله تعالى عنه.