إجراء عقد النكاح في الكنيسة إن توافرت شروط الزواج وأركانه ، فقد وقع الزواج صحيحا، ولكن يكره في الكنيسة ما لم يشتمل على حرام، فإن اشتمل على بعض طقوس النصارى، فيحرم وعلى الزوج أن يعيد العقد مرة أخرى خارج الكنيسة، هذا إن اضطر إلى عقده فيها. ومن العلماء من حرم العقد في الكنيسة على كل حال.
جاء في فتوى المجلس الأوربي للإفتاء والبحوث: عقد الزواج في الكنيسة غير مستحسن شرعاً، وهو حرام إذا كان يشتمل على مشاركة لهم في الطقوس المتصلة بعقيدتهم، أو إذا كان الزواج في الكنيسة يترتب عليه أمر محرم شرعاً كاشتراط تعهد الزوج بتربية الأولاد على أسس غير إسلامية.
ومع هذا فإنه ينعقد الزواج إذا تحققت فيه أركانه وشروطه الشرعية، ويعتبر النكاح بذلك صحيحاً وتترتب عليه جميع آثاره، وللاحتياط ينبغي لمن اضطر إلى ذلك أن يجدد العقد خارج الكنيسة لتحقيق إعلان النكاح بين المسلمين، ويهم المجلس أن ينصح الشباب المسلم بعدم الوقوع في مثل هذا المحظور الذي يعبر عن مسايرة الزوج لزوجته فيما لا يرضي الله تعالى.كما يعرضه لخطر الموافقة على شروط تتعلق بتربية أولاده على أسس غير إسلامية.أ.هـ
وتقول اللجنة الدائمة للبحوث والإفتاء بالسعودية: لا يجوز للمؤمن أن يشهر زواجه من مسلمة أو كتابية في الكنيسة ولا على يد قسيس ولو كان ذلك بعد الزواج بها على سنة الله ورسوله، لما في ذلك من مشابهة النصارى في شعار زواجهم، وتعظيم مشاعرهم ومعابدهم، واحترام علمائهم وعبادهم وتوقيرهم لقوله صلى الله عليه وسلم: (من تشبه بقوم فهو منهم) أخرجه الإمام أحمد بإسناد حسن .