المدينة كانت تسمى قبل هجرة رسول الله ﷺ إليها باسم يثرب ، ولكن يكره تسمية المدينة بيثرب، ووجه الكراهة ما قاله الإمام النووي يرحمه الله تعالى:
(إنما كره تسميتها يثرب لأنه من التثريب، وهو التوبيخ والملامة، وكان النبي ﷺ يحب الاسم الحسن، ويكره الاسم القبيح) ولذا غيَّر النبي ﷺ اسمها، كما في صحيح مسلم أنه قال: “يقولون يثرب وهي المدينة، تنفي الناس كما ينفي الكير خبث الحديد” وروى مسلم أيضاً عن زيد بن ثابت عن رسول الله ﷺ قال: “إنها طيبة” -يعني المدينة- وعن جابر بن سمرة رضي الله عنهما قال: قال رسول الله ﷺ: “إن الله تعالى سمى المدينة طابة” وقد سماها الله تعالى الدار، كما في قوله تعالى: (والذين تبوؤا الدار والإيمان من قبلهم يحبون من هاجر إليهم..) [الحشر:9] وأما قوله تعالى: (وإذ قالت طائفة منهم يا أهل يثرب…) [الأحزاب:13] فهو حكاية قول المنافقين والذين في قلوبهم مرض، كما قرر ذلك النووي و ابن حجر وغيرهما، وعليه، فلا حجة في الآية على إباحة التسمية، بل هي مكروهة كما سبق.
ومما سبق يتبين أن  للمدينة أربعة أسماء: الأول: المدينة، الثاني: الدار أو دار الهجرة، الثالث: طابة، الرابع: طيبة.
ووردت لها تسميات أخرى لا تصح، من ذلك ما رواه عمر بن شيبة في أخبار المدينة من رواية زيد بن أسلم، قال: قال النبي ﷺ: “إن للمدينة عشرة أسماء هي: المدينة، وطابة، والمطيبة، والمسكينة، والدار، وجابرة، ومجبورة، ومنيرة، ويثرب” وقال السهيلي : (وروي عن بعضهم أنه قال: إن لها في التوراة أحد عشر اسماً: المدينة، وطابة، وطيبة، والمسكينة، والجابرة، والمحبوبة، والقاصمة، والمجبورة، والعذراء، والمرحومة) والأولى الاقتصار على ما صح واشتهرت به التسمية.
ولا حرج في إضافتها إلى النبي ﷺ فيقال: المدينة النبوية، أو نسبتها إلى النور الذي حصل لها بسبب مقدم النبي ﷺ، فيقال: المدينة المنورة، وقد روى ابن ماجه وصححه الألباني وغيره عن أنس رضي الله عنه قال: (لما كان اليوم الذي دخل فيه رسول الله ﷺ أضاء منها -المدينة- كل شيء، فلما كان اليوم الذي مات فيه أظلم منها كل شيء).